L'Institut est un organisme composé de huit établissements universitaires du Québec: Université Concordia, Université Laval, Université McGill, Université de Montréal, UQAM, UQTR, Université de Sherbrooke et Université Bishop's.
La structure administrative de l'ISM comprend:
La direction est responsable de la gestion quotidienne de l’ISM. La personne qui exerce cette fonction est nommée pour un mandat de trois ans non renouvelable par les directions des départements de mathématiques et de statistique, qui soumettent sa candidature au conseil. À titre exceptionnel, les directions des départements peuvent proposer au conseil de prolonger ce mandat d’un an. La personne candidate doit être membre du corps professoral et mener activement des activités de recherche dans l’un des établissements membres de l’ISM. La personne qui assume la direction doit être libérée de la moitié de sa charge d’enseignement. L’établissement d’appartenance de la direction doit changer à chaque nomination. La personne mise en candidature par les directions des départements porte le titre de « direction déléguée » entre sa mise en candidature et son entrée en fonction.
Lorsque le comité de gestion estime que la personne assurant la direction ne sera pas en mesure d’exercer ses fonctions pendant au moins un mois, il désigne une personne qui assure l’intérim jusqu’à son retour ou jusqu’à son remplacement par le conseil. La personne nommée pour assurer l’intérim peut provenir du même établissement que celle qu’elle remplace, mais sa nomination n’est valide que jusqu’à la fin du mandat en cours. Le conseil peut, en tout temps, demander la démission de la personne assurant la direction s’il estime qu’elle ne s’acquitte pas de ses fonctions de manière satisfaisante.
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Le comité de gestion est renouvelé chaque année le 1er juillet.
Le comité se compose des membres suivants :
Le quorum est de cinq membres votants.
De concert avec le directeur, le comité:
Le conseil d'administration est habilité à veiller à la bonne marche de l'Institut et à en approuver les programmes et le budget. Le conseil se compose du vice-rectorat ou du vice-principalat (enseignement) de chaque université ou de la personne qui le représente. La présidence est assurée par le membre représentant l’université à laquelle est rattachée la direction de l’Institut. La personne qui assure la présidence convoque les assemblées du conseil. La direction de l’Institut ainsi que les directions des départements sont habituellement invitées aux réunions du conseil, mais ne disposent pas du droit de vote. Le quorum est de trois membres.
La gestion financière de l'Institut est assurée par l’université hôte, conformément aux règles et pratiques habituelles de celle-ci. La direction prépare le budget avec le concours du comité de gestion et le soumet à l'approbation du conseil. Ce budget est reproduit dans le rapport annuel qui précise les dépenses et les revenus réels de l’année universitaire visée; le budget provisoire de l’année à venir figure également dans le rapport annuel. La direction peut, à sa discrétion, modifier ce budget provisoire de 10 % à la hausse ou à la baisse.